من أجل عزل الشهيد الصدر عن الناس ، وقطع اتصال الناس به، جُعل الصدر تحت الإقامة الجبرية من قبل النظام البعثي.

واستمر هذا الحصار على السيد الصدر نحو تسعة أشهر.

خلال هذه الفترة حاول نظام البعث أن يثني الشهيد الصدر عن أفكاره وأطروحاته في خصوص الثورة الإسلامية التي انتصرت على يد الإمام الخميني، ولكن الصدر ظــــل مدافعا عـــــــن الثــــورة الإسلامية، فــــــي يـوم 5 /4 /1980  تم اعتقال الشهيد الصدر من قبل أجهزة المخابرات، ثم نقلوه من النجف الاشرف إلى بغداد. 

وفي اليوم التالي تم اعتقال العلوية بنت الهدى أخت الشهيد الصدر. طلب برزان إبراهيم الحسن الأخ غير الشقيق لصدام ومسؤول الأمن العام  من الشهيد الصدر أن يكتب ولو بعض الكلمات ضد الإمام الخميني أو ضد الثورة الإسلامية حتى يتم إطلاق سراحه، وإذا لم يفعل هذا فسوف يقتل.

وقد رفض الشهيد الصدر هذا الكلام وقال: إنني متأهب للشهادة ولايمكن أن أفعل أي فعل لا إنساني ومخالف للدين. ولمّا يئس رجال الأمن من استجابة الشهيد الصدر لمطالبهم، قاموا بتعذيبه إلى أن مات السيد الصدر وأخته بنت الهدى من أثر التعذيب في يوم 9 – 4 – 1980 .